История отношений: В 2010 году было отмечено столетие образования в Эстонии азербайджанской общины. Этот исторический факт свидетельствует о древней истории связей азербайджанского и эстонского народов. Еще в 50-х годах XIX века Юханом Кийвом, Густавом Вулфом и Анной Хаов были переведены с немецкого на эстонский язык произведения гениального азербайджанского поэта Мирзы Шафи Вазеха. В настоящее время в Эстонии проживают более двух тысяч азербайджанцев, которые активно участвуют в общественно-политической жизни этой страны. Также азербайджанцы представлены и в Парламенте Эстонии.

Двусторонние политические отношения: Независимость Азербайджана была признана Эстонией 20 февраля 1992 года, а дипломатические отношения между двумя странами установлены 20 июня 1992 года. Посол Азербайджана в Латвии аккредитован в Эстонии, а посол Эстонии в Турции - в Азербайджане. В мае 1994 года Азербайджан посетила делегация Министерства иностранных дел Эстонии. В ходе визита было подписано Соглашение о консультациях между Министерством иностранных дел Азербайджанской Республики и Министерством иностранных дел Республики Эстония. А 15 февраля 1996 года в Баку между Эстонией и Азербайджаном было подписано Совместное заявление.

Посетив 12-14 июля 1996 года с визитом Баку, члены делегации во главе с председателем Комитета министров Совета Европы, министром иностранных дел Эстонии Сиймом Калласом и Генеральным секретарем Совета Европы Даниэлем Таршисом встретились с Президентом Азербайджанской Республики и другими официальными лицами. В ходе встреч были обсуждены перспективы членства Азербайджана в СЕ. Азербайджан получил статус гостя в Совете Европы именно в период председательства Эстонии.

1 марта 2000 года Азербайджан посетил с визитом министр иностранных дел Эстонии Тоомас Хендрик Ильвес. Визит министра иностранных дел Эстонии, прибывшего с делегацией в составе, в основном, представителей сфер торговли и бизнеса, имел целью расширение связей между сторонами.

2 марта 2000 года он встретился с Президентом Азербайджана Гейдаром Алиевым. В ходе встречи глава азербайджанского государства предоставил Тоомасу Хендрику Ильвесу информацию об армяно-азербайджанском, нагорно-карабахском конфликте. Тоомас Хендрик Ильвес выразил желание своей страны в связи с сотрудничеством с Азербайджаном по конкретным, специфичным вопросам, а также большую поддержку Эстонии в вопросе вступления Азербайджана в Совет Европы.

Президентом Гейдаром Алиевым была выражена благодарность эстонскому министру иностранных дел за поддержку в вопросе вступления Азербайджана в Совет Европы: "Думаю, Вы знаете, что в ближайшие месяцы этот вопрос решится, и не сомневаюсь, что Вы и впредь будете прилагать свои усилия, как это и было до сих пор". В ходе визита сторонами были подписаны Совместное заявление, Соглашение о взаимном сотрудничестве между правительством Азербайджанской Республики и правительством Республики Эстония, о взаимном сотрудничестве в таможенной сфере и торгово-экономическом сотрудничестве.

После избрания Президентом Азербайджанской Республики Ильхама Алиева азербайджано-эстонские связи вышли на качественно новый уровень развития.

12 июня 2004 года в Азербайджан прибыла с визитом делегация во главе с министром иностранных дел Эстонии Кристийна Оюланд.

17 июня 2004 года Президент Ильхам Алиев принял эстонскую делегацию во главе с министром по народонаселению Паулем-Ээриком Руммо. В ходе встречи Президент Азербайджана отметил соответствие уровня развития двусторонних связей интересам обеих стран, и то, что для этого имеется большой потенциал в сферах экономики, политических консультаций. Также Президент отметил активное участие в общественно-политической жизни страны азербайджанской диаспоры, ее представительство в Парламенте, что послужит делу сближения народов двух стран.

В свою очередь министр Пауль-Ээрик Руммо отметил, что азербайджанцы Эстонии являются истинными патриотами страны, чья поддержка ощущается во всем. Говоря о перспективах азербайджано-эстонского сотрудничества, министр сказал, что является возможным осуществление совместных проектов, в особенности, в сфере программ Европейского Союза. Он выразил готовность Эстонии оказать Азербайджану помощь в связи с вопросом по нагорно-карабахскому конфликту.

29 октября 2007 года Президент Ильхам Алиев принял делегацию во главе с министром иностранных дел Эстонии Урмасом Паэтом. Глава азербайджанского государства выразил надежду, что этот визит станет важным шагом для будущего развития сотрудничества между нашими странами. Урмас Паэт сказал о том, что целью визита является вклад в развитие сотрудничества между странами в различных областях.

20 июня 2008 года Президент Ильхам Алиев принял заместителя председателя парламента Эстонии Кристийну Оюланд, находившуюся в Баку с визитом с целью участия в торжествах по случаю 90-летнего юбилея азербайджанского парламента. В ходе встречи были отмечены значение межпарламентского сотрудничества в развитии двусторонних отношений между нашими странами, а также важность связей между Азербайджаном и Эстонией в рамках процесса интеграции в Европу.

13 ноября 2008 года в Азербайджане побывал с целью участия в Бакинском энергетическом саммите премьер-министр Эстонии Андрус Ансип.

Визит 12 января 2009 года в Азербайджан Президента Эстонии Тоомаса Хендрика Ильвеса стал толчком к еще большему расширению двусторонних отношений. В рамках визита состоялась встреча один на один Президента Азербайджана Ильхама Алиева и Президента Эстонии Тоомаса Хендрика Ильвеса. В ходе встречи было выражено удовлетворение успешным развитием отношений между двумя странами в политической, экономической и других сферах. Президент Т.Х.Ильвес сообщил о том, что Эстония, как и остальные члены Европейского Союза, также рассматривает Азербайджан в качестве партнера с большим потенциалом, и выразил желание по поводу расширения с нашей страной политических и экономических связей. Также Президент особо отметил роль Азербайджана в глобальной энергетической безопасности Европы.

Президентом Эстонии было заявлено о поддержке справедливой позиции Азербайджана в вопросе, связанном с армяно-азербайджанским нагорно-карабахским конфликтом. Президент Эстонии побывал и в Фонде Гейдара Алиева.

Главы обоих государств выступили с заявлением относительно официального визита в Азербайджан Президента Эстонии. Отметив проведение широких обсуждений по вопросам, вызывающим взаимный интерес, Президент Ильхам Алиев сказал: «…Подписанная сегодня Совместная декларация отражает наши мысли и идеи по поводу двусторонних отношений, положения в регионе и по многим другим связывающим нас вопросам. Мы выражаем большую благодарность в связи с позицией Эстонии, выраженной в Декларации».

18 мая 2009 года Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев принял экс-президента Эстонии Арнольда Рюйтеля. Вспоминая с чувством почтения о своих встречах с Общенациональным лидером Гейдаром Алиевым, А.Рюйтель сказал, что всегда ощущал поддержку Общенационального лидера в самые тяжелые и кризисные моменты жизни наших народов.

Отметив важную роль личных взаимоотношений глав государств в еще большем расширении двусторонних связей, Президент Ильхам Алиев сообщил, что в настоящее время азербайджано-эстонские отношения успешно развиваются во всех областях.

30 октября 2009 года Президентом Азербайджанской Республики Ильхамом Алиевым было подписано Распоряжение об обеспечении деятельности в Республике Эстония посольства Азербайджанской Республики.

6 апреля 2010 года состоялся государственный визит Президента Ильхама Алиева в Эстонию. В ходе встречи один на один Президента Ильхама Алиева и Президента Эстонии Тоомаса Хендрика Ильвеса было выражено удовлетворение успешным развитием двусторонних отношений между Азербайджаном и Эстонией. Было отмечено значение взаимных визитов на высшем уровне для расширения связей между странами. По завершении встречи один на один Президентом Ильхамом Алиевым и Президентом Тоомасом Хендриком Ильвесом была подписана Совместная декларация. Также состоялась встреча президентов в расширенном составе при участии членов делегаций обеих стран. Президентами было отмечено значение двусторонних связей в рамках отношений между Азербайджаном и Европейским Союзом. Президенты Ильхам Алиев и Тоомас Хендрик Ильвес выступили с Заявлениями для прессы. Находившийся в Эстонии с государственным визитом Президент Ильхам Алиев выступил с лекцией в Министерстве иностранных дел этой страны. В выступлении главой государства были затронуты вопросы развития отношений между нашими странами, успешных экономических реформ, проводимых в Азербайджане, интеграции в Европейский Союз и сотрудничества с международными организациями, а также тяжелых последствий армяно-азербайджанского, нагорно-карабахского конфликта и путей его решения. В ходе визита состоялись встречи Президента Ильхама Алиева и с премьер-министром Эстонии Андрусом Ансипом и экс-президентом Эстонии Арнольдом Рюйтелем. 

Экономические отношения: Экономические отношения между двумя странами продолжают развиваться. Проведение 12 января 2009 года в рамках официального визита в Азербайджан азербайджано-эстонского бизнес-форума явилось фактором, оказавшим положительное воздействие на развитие между странами экономических отношений. Выступивший на мероприятии Президент Азербайджана Ильхам Алиев отметил большое значение бизнес-форума для еще большего расширения сотрудничества. Хендрик Ильвес, в свою очередь объявил, что Эстония готова поделиться с Азербайджаном большими успехами, достигнутыми ею в сфере коммуникационных технологий и готова к тесному сотрудничеству в этой сфере. 28 сентября 2009 года находившимся в Нью-Йорке с рабочим визитом с целью участия в 64-й сессии Генеральной ассамблеи ООН министром иностранных дел Азербайджана и его эстонским коллегой было подписано Соглашение о сотрудничестве между двумя странами в сфере информационно-коммуникационных технологий. В январе-ноябре 2009 года показатели торговых связей Азербайджана с Эстонией были следующими – импорт 1698,7, экспорт – 372,8 (в тыс. долл. США). 

Культурные отношения: В последние годы культурные связи между двумя странами стремительно развиваются. На эстонском языке был издан один из наиболее ценных национальных памятников азербайджанского народа «Китаби-Деде Горгуд». Издание же эстонско-азербайджанского словаря явилось прекрасным средством, упростившим общение между эстонским и азербайджанским народами.

В 2004 году, согласно решению эстонского правительства, был учрежден Народный университет восточной культуры имени академика Зарифы Алиевой. Этот очаг высшего образования, функционирующий в Таллинне, знакомит эстонцев с культурой, языком и историей тюркоязычных народов, культурой, языком и историей Кавказа. В 2008 году по инициативе эстонско-азербайджанского центра культуры в таллиннской Ратуше прошли Дни азербайджанской культуры. В мероприятиях, состоявшихся в рамках Дней азербайджанской культуры, приняли участие порядка 5000 человек. В 2009 году в Эстонии прошла презентация книги «Азербайджанцы». Эта книга, изданная на эстонском языке, была составлена на основе учебной программы Министерства образования Республики Эстония.

Эстония считает Азербайджан партнерской страной с большим потенциалом и придает большое значение его роли в обеспечении энергетической безопасности Европы. Обе страны плодотворно сотрудничают в рамках программы НАТО «Партнерство во имя мира», ООН, ОБСЕ, Совета Европы и Европейского Союза. Эстонией заявлено о поддержке справедливой позиции Азербайджана в вопросе армяно-азербайджанского, нагорно-карабахского конфликта.