1992-1993 гг. считаются напряженными годами во взаимоотношениях между Ираном и Азербайджаном. (Али Гасанов, Современные международные отношения и внешняя политика Азербайджана, Баку – 2005, стр. 573)

После прихода к власти в 1993 году Гейдара Алиева одним из первых предпринятых им шагов было устранение ряда недовольств в отношениях с Исламской Республикой Иран. Гейдар Алиев поддерживал контакты с руководителями Ирана еще в период председательствования в Верховном Совете Нахчывана. Эти отношения оказали довольно действенное влияние на удовлетворение потребностей находящейся в блокаде автономной республики.

Комитет помощи Ирана "Имдад", носящий имя Имама Хомейни, осуществил значительную работу в размещении большого числа вынужденных переселенцев, появившихся во время оккупации азербайджанских районов армянскими войсками летом 1993 года.

Все эти меры по оказанию помощи, в целом упорядочение взаимоотношений стало возможным благодаря политике сотрудничества Гейдара Алиева и тогдашнего президента Ирана Али Акбара Хашими-Рафсанджани. С целью еще большего повышения уровня отношений 26-28 октября 1993 года Президент Ирана Хашими Рафсанджани нанес визит в Азербайджан.

27 октября 1993 года на встрече с Рафсанджани Гейдар Алиев заявил о том, что будут предприняты соответствующие меры для устранения холода, возникшего в отношениях между Ираном и Азербайджаном. Он заявил, что иранской стороне представлены проекты договора о сотрудничестве в различных областях.

Хашими Рафсанджани тоже заявил, что намерен развивать тесные отношения с Азербайджаном, как с историческим соседом, страной близкой в культурном и религиозном отношениях. Во время визита он заявил, что выступает против продолжения нападения войск Армении на территории Азербайджана.

Именно в период пребывания Хашими Рафсанджани в Азербайджане армянские войска оккупировали 29 октября 1993 года еще один азербайджанский район, расположенный на границе с Ираном – Зангиланский район. Иранская сторона создала условия для перехода населения Зангилана в Иран через реку Араз, разделяющую две страны.

В свою очередь Гейдар Алиев, находясь с визитом в Иране 29 июня - 2 июля 1994 года и 12 – 13 мая 1996 года (с целью участия в открытии железной дороги Мешхед-Серахс-Таджан), обсудил с Рафсанджани вопросы еще большего развития двусторонних отношений. В ходе этих визитов были подписаны договоры, обеспечивающие сотрудничество между сторонами в различных областях, и проведены обсуждения.

Во время визита президента Алиева в 1994 году в переговорах с Рафсанджани была выражена просьба документально оформить официальное заявление Ирана об осуждении ею агрессии Армении. После переговоров Президента Азербайджана с министром иностранных дел Ирана Али Акбаром Вилаяти это заявление было принято. ("Гейдар Алиев открывает миру Азербайджан", составители: Назим Ибрагимов, Ибрагим Шукюров, издательство "Азербайджан". Баку-1994, стр. 142)

Заместитель министра иностранных дел Ирана Мехди Ваизи, прибывший с визитом в Азербайджан в декабре 1995 года, передал Гейдару Алиеву письмо-приглашение Президента Ирана Хашими Рафсанджани. Он привел с собой в Баку восемь азербайджанцев, попавших в плен к армянской стороне во время карабахской войны, которых ему удалось освободить во время визита в Армению и Нагорный Карабах. Ваизи сказал, что никакая третья сторона не сможет помешать развитию отношений между Азербайджаном и Ираном. (http://www.jamestown.org/)

Во время визита Гейдара Алиева 12-13 мая 1996 года был достигнут ряд договоренностей в области экономики. В беседе с Гейдаром Алиевым Рафсанджани заявил, что Иран будет продолжать оказывать помощь беженцам и вынужденным переселенцам в Азербайджане.

В интервью иранскому телевидению глава Азербайджанского государства назвал Хашими Рафсанджани своим другом и оценил отношения между Азербайджаном и Ираном как дружеские и соседские. ("Азербайджан в международном мире", материалы по визитам Президента Азербайджанской Республики Гейдара Алиева в зарубежные страны в 1995-1996 годах, составители: Эльшад Ислам оглу Абдуллаев,Фикрет Ибад оглу Мурадов, Баку- 1997, стр. 582-584)

В результате сотрудничества Гейдара Алиева и Рафсанджани в дальнейшем Иран занял первое место как партнер Азербайджана в его внешней торговле.

Политика Президента Азербайджана Ильхама Алиева в 2005-2006 годах в связи с Ираном, соответствующая курсу Гейдара Алиева, несмотря на ряд разногласий, служила сохранению нормальных взаимоотношений с южным соседом Азербайджана.

Историческая справка составлена 19 декабря 2006 года