Estoniya Azərbaycanın müstəqilliyini 20 fevral 1992-ci ildə tanıyıb, iki ölkə arasında diplomatik münasibətlər isə 20 iyun 1992-ci ildə qurulub. Tərəflər arasında ilkin əlaqələrin formalaşmasının əsası 1994 - cü ilin mayında Estoniyanın Xarici İşlər Nazirliyinin nümayəndə heyətinin Azərbaycana səfərindən sonra qoyulub. 1996 - cı ilin iyulunda isə Estoniyanın xarici işlər naziri Slim Kallas Avropa Şurası Nazirlər Komitəsinin sədri olaraq Azərbaycana səfərə gəlib. Azərbaycan məhz Estoniyanın rəhbərliyi dövründə Avropa Şurasında qonaq statusu alıb. (http://www.mfa.gov.az/)

1-3 mart 2000 - ci il tarixində Estoniyanın xarici işlər naziri Toomas Hendrik İlves Azərbaycana səfər edib. Əsasən ticarət - biznes nümayəndələrindən ibarət nümayəndə heyəti ilə gələn Estoniya xarici işlər nazirinin bu səfəri tərəflər arasında əlaqələri genişləndirmək məqsədi daşıyıb. 2 mart 2000 - ci ildə o, Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevlə görüşüb. Onların söhbətində Azərbaycan və Estoniyanın bir - birlərinin mənafelərinə uyğun siyasət apardıqları təsdiqlənib. Azərbaycanın dövlət başçısı Toomas Hendrik İlvesə Ermənistan - Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsi barədə məlumat verib.

Heydər Əliyev Avropa strukturlarına inteqrasiya siyasətində Estoniya təcrübəsindən istifadə ediləcəyini bildirib.

Bu fikirə uyğun olaraq 2002 - ci ilin noyabrında Estoniya Xarici İşlər Nazirliyi Azərbaycanın Səhiyyə Naziriliyi ilə birlikdə həmin ölkənin bu sahədə islahatları mövzusunda seminar təşkil edib.

Azərbaycan-Estoniya əlaqələrin möhkəmlənməsi İlham Əliyevin prezidentliyi dövründə daha da intensivləşib.

17 iyun 2004-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Prezident sarayında əhali məskunluğu məsələləri naziri Paul-Eerik Rummo başda olmaqla Estoniya Respubilkasının nümayəndə heyətini qəbul edib.İlham Əliyev deyib ki, biz bütün səviyyələrdə əlaqələrimizi hərtərəfli inkişaf etdirmək istəyirik. Azərbaycan rəhbəri deyib ki, ikitərəfli əlaqələrin inkişafı ölkələrimizin mənafelərinə uyğundur və bunun üçün iqtisadiyyatda, siyasi məsləhətləşmələr sahəsində böyük potensial var. Estoniyadakı Azərbaycan diasporu ölkənin ictimai-siyasi həyatında fəal iştirak edir, parlamentdə təmsil olunur ki, bu da iki ölkənin xalqlarının yaxınlaşması işinə xidmət edəcəkdir. Cənab Paul-Eerik Rummo səmimi qəbula görə dövlətimizin başçısına təşəkkür edərək bildirib ki, nümayəndə heyətinə Azərbaycan ilə Estoniya arasında dostluq qrupunun üzvləri olan deputatlar da daxildir. O deyib ki, Estoniya azərbaycanlıları ölkənin əsl vətənpərvərləridir və biz bütün işlərdə azərbaycanlıların dəstəyini hiss edirik. Nazir Azərbaycan-Estoniya əməkdaşlığının perspektivlərindən danışaraq qeyd edib ki, xüsusilə, Avropa Birliyinin proqramları sahəsində birgə layihələrin həyata keçirilməsi mümkündür. (http://www.president.az/)

O, Estoniyanın Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycana kömək göstərməyə hazır olduğunu bildirib. (http://www.bizimasr.media-az.com/)

29 oktyabr 2007-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Estoniyanın xarici işlər naziri Urmas Paetin rəhbərlik etdiyi nümayəndə heyətini qəbul edib. İlham Əliyev Azərbaycan ilə Estoniya arasında siyasi və iqtisadi sahələrdə əlaqələrin daha da fəallaşdırılmasının zəruri olduğunu deyib və bu səfərin ölkələrimiz arasında əməkdaşlığın gələcək inkişafı istiqamətində mühüm addım olacağına ümid etdiyini bildirib. Urmas Paet Azərbaycana səfərinin məqsədinin müxtəlif sahələrdə əməkdaşlığımızın inkişafına töhfə vermək olduğunu deyib.

20 iyun 2008-ci ildə Prezident İlham Əliyev Estoniya Parlamenti sədrinin müavini Kristina Ojulandı qəbul edib. Görüşdə ikitərəfli münasibətlərimizin inkişaf etdirilməsində parlamentlərarası əməkdaşlığın əhəmiyyəti vurğulanmış, ölkələrimiz arasında əlaqələrin Avropaya inteqrasiya istiqamətində və Avropa Birliyi çərçivəsində də önəm daşıdığı qeyd olunub. (http://www.president.az/)

2009-cu il yanvarın 12-də Estoniya prezidenti Toomas Hendrik İlves rəsmi səfərlə Azərbaycana gəlib. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevlə təkbətək görüşdə iki ölkə arasında münasibətlərin siyasi - iqtisadi və digər sahələrdə uğurlu inkişafından məmnunluq ifadə olunub. Prezident İlham Əliyev ölkələrarası siyasi əlaqələrin çox yaxın olduğunu, tərəfdaşlığın praktik tərəfinə diqqətin daha da artırılmaının vacibliyini bildirib. Prezident Azərbaycanın Avropa Birliyi ilə əlaqələrin inkişafını nəzərdə tutan təşəbbüslərini dəstəklədiyi üçün Estoniya prezidentinə minnətdarlığını bildirib.

Estoniya Prezidenti Toomas Hendrik İlves isə Avropa Birliyinin digər üzvləri kimi Estoniyanın da Azərbaycanı böyük potensiallı tərəfdaş olaraq nəzərdən keçirdiyini, onunla iqtisadi və siyasi əlaqələri genişləndirmək istədiyini bildirib. Həmçinin prezident qlobal enerji təhlükəsizliyində Azərbaycanın rolunu xüsusi qeyd edib.

Estoniya prezidenti Ermənistan - Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycanın ədalətli mövqeyini dəstəklədiyini bəyan edib.

Estoniya prezidentinin Azərbaycana səfəri çəçivəsində Azərbaycan - Estoniya biznes forumu keçirilib. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev biznes-forumda çıxış edərək biznes-forumun, iş adamlarının aparacaqları konkret fikir mübadiləsinin əməkdaşlığın daha da genişləndirilməsi üçün böyük əhəmiyyət kəsb edəcəyini söyləyib. Hendrik İlves isə Estoniyanın kommunikasiya texnologiyaları sahəsində qazandığı böyük uğurlarını Azərbaycanla yaxından bölüşməyə və bu sahədə sıx əməkdaşlığa hazır olduğunu bildirib.

Tarixi arayış 14 yanvar 2009-cu ildə yeniləşdirilib.