Yunanıstan Azərbaycanın müstəqilliyini 1991-ci ilin dekabrında tanıyıb. İlk diplomatik əlaqələr 1992-ci ilin aprelində qurulub. 1993-cü il mayın 27-də Yunanıstanın Azərbaycandakı səfirliyi, 2004-cü il aprelin 16-da isə Azərbaycanın Yunanıstandakı səfirliyi fəaliyyətə başlayıb.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev 2000-ci il dekabrın 6-da Yunanıstanın ölkəmizdəki səfiri Merkurios Karafotiasın etimadnaməsini qəbul edib. O, səfirə iki ölkə arasında münasibətlərin daha da inkişaf etdirilməsi üçün səylərinin artırılması yolunda uğurlar arzulayıb. Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsindən söhbət açan Heydər Əliyev Yunanıstanla Ermənistanın sıx dostluq əlaqəsində olduğunu, lakin buna baxmayaraq, Yunanıstanın münaqişənin sülh yolu ilə həlli istiqamətində öz səylərini əsirgəməyəcəyinə əminliyini vurğulayıb. O, həmçinin, Avropa Şurasına daxil olmaq üçün Yunanıstanın Azərbaycanı dəstəkləyəcəyinə inandığını qeyd edib.

Yunanıstan Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin həlli məsələsində bu problemin beynəlxalq hüquq normaları və Azərbaycanın ərazi bütövlüyü çərçivəsində həll edilməsi mövqeyindən çıxış edir. (www.mfa.gov.az)

Azərbaycan Respublikasının 2003-cü ildə prezidenti seçilmiş İlham Əliyev də dəfələrlə Yunanıstanın Azərbaycandakı səfirlərini qəbul edib.

28 noyabr 2003-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Prezident sarayında Yunanıstan Respublikasının ölkəmizdəki fövqəladə və səlahiyyətli səfiri Merkurios Karafotiası qəbul edib.

Səfir Karafotias Prezident seçilməsi münasibətilə Yunanıstan Respublikasının Prezidenti Konstantinos Stefanopulosun təbrik məktubunu İlham Əliyevə təqdim edib, Yunanıstanın dövlət və hökumət başçılarının Prezident İlham Əliyevə uğur dilədiklərini bildirib. Karafotias Azərbaycanda səfirliyin işinə yaxşı şərait yaradıldığına görə Azərbaycan Prezidentinə təşəkkür edib. Səfir Bakını özünün ikinci vətəni saydığını, burada insanların yeni seçilmiş Prezidentə böyük məhəbbətinin şahidi olduğunu qeyd edib və Yunanıstanın Azərbaycanla bütün sahələrdə əməkdaşlığa hazır olduğunu onun nəzərinə çatdırıb.

Prezident İlham Əliyev Azərbaycan Respublikası ilə Yunanıstan Respublikası arasında təşəkkül tapmış qarşılıqlı əməkdaşlıq münasibətlərinin səviyyəsindən məmnunluğunu ifadə edib və bu münasibətlərin bundan sonra da inkişaf etməsinin tərəfdarı olduğunu bildirib.

İlham Əliyev qeyd edib ki, bəzi beynəlxalq əməkdaşlıq layihələrinin reallaşdırılması, xüsusilə Azərbaycanın enerji daşıyıcılarının Yunanıstan vasitəsilə Avropaya ötürülməsi sahəsində yaxşı perspektivlər var.

22 fevral 2005-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Prezident sarayında Yunanıstanın ölkəmizə yeni təyin olunmuş fövqəladə və səlahiyyətli səfiri Temistokles Dimidisin etimadnaməsini qəbul edib.

Azərbaycana səfir təyin olunmasından məmnunluğunu bildirən səfir Temistokles Dimidis ölkələrimiz arasında əlaqələrin möhkəmləndirilməsi üçün uğurlu addımlar atıldığını bildirib. O, Azərbaycan və Yunanıstanın işgüzar dairələrinin əməkdaşlığının xüsusi əhəmiyyəti olduğunu qeyd edərək bu istiqamətdə əlindən gələni əsirgəməyəcəyini söyləyib.

Prezident İlham Əliyev səfiri yeni təyinatı münasibətilə təbrik edib, Azərbaycanın da Yunanıstanda səfirliyinin açıldığını bildirib. O, qarşılıqlı surətdə faydalı əməkdaşlıq üçün yaxşı imkanlar olduğunu vurğulayıb.

10 sentyabr 2008-ci ildə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev Yunanıstanın ölkəmizdəki fövqəladə və səlahiyyətli səfiri Temistokles Dimidisi diplomatikfəaliyyətinin başa çatması ilə əlaqədar qəbul edib.

Görüşdə əməkdaşlığımızın genişləndirilməsi üçün daha böyük potensialın olduğu vurğulanıb və ikitərəfli münasibətlərin bundan sonradaha da möhkəmlənəcəyinə əminlik ifadə olunub.

3 oktyabr 2008-ci ildə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev Yunanıstan Respublikasının ölkəmizə yeni təyin olunmuş fövqəladə və səlahiyyətli səfiri İonannis Metaksasın etimadnaməsini qəbul edib. Görüşdə Azərbaycanla Yunanıstanarasında ikitərəfli münasibətlərin uğurlu inkişafından danışılıb və əməkdaşlığımızın daha da genişləndiriləcəyinə əminlik ifadə olunub.

Tarixi arayış 15 yanvar 2009-cu ildə yeniləşdirilib.