Azərbaycan və Özbəkistan arasında diplomatik münasibətlər 1993-cü il oktyabrın 2-də yaradılıb. 1993-cü ildə Azərbaycanda Heydər Əliyevin hakimiyyətə gəlməsindən sonra iki ölkə arasında münasibətlər keyfiyyətcə yeni mərhələyə qədəm qoyub. Təsadüfi deyil ki, Azərbaycan Mərkəzi Asiyada ilk səfirliyini 1996-cı ilin sentyabrında məhz Daşkənddə açıb.

İkitəfli əlaqələrin daha da inkişaf etdirilməsinə Özbəkistan Prezidenti İslam Kərimovun 1996-cı ilin mayında Azərbaycana rəsmi səfəri yeni təkan verib. Həmin səfər zamanı Azərbaycan və Özbəkistan arasında dostluq və əməkdaşlıq haqqında saziş imzalanıb. Bu saziş hökumətlər arasında bütün gələcək razılaşmaların hüquqi əsasını təşkil edir. İslam Kərimovun rəhbərliyi ilə Özbəkistan nümayəndə heyətinin Azərbaycan tərəfi ilə apardığı danışıqların nəticəsi olaraq siyasi, iqtisadi və mədəni sahələrə dair iki ölkə arasında 20 müqavilə bağlanıb.

İki ölkə arasında tarixi-mədəni bağlılığın olduğu və bu əlaqələr əsasında böyük əməkdaşlıq imkanlarının mövcudluğu fikri Özbəkistan prezidentinin Heydər Əliyevlə birgə keçirdiyi mətbuat konfransında qeyd edilib. Heydər Əliyev imzalanan dostluq və əməkdaşlıq haqqında müqavilənin böyük əhəmiyyətə malik olduğunu bildirib.

1997-ci ilin iyununda Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev cavab olaraq Özbəkistana rəsmi səfər edib. Bu səfər zamanı da münasibətlərin daha da yaxşılaşmasına xidmət edən bir sıra dövlətlərarası razılaşmalar əldə edilib.

2003-cü ildə Azərbaycan Prezidenti seçilən İlham Əliyev də Orta Asiya dövlətləri, o cümlədən Özbəkistanla əlaqələrin daha da inkişaf etdirilməsində maraqlı olduğunu bəyan edib. Bunun nəticəsi olaraq İlham Əliyev 2004-cü il martın 23-24-də Özbəkistana rəsmi səfər edib. Azərbaycan prezidenti İlham Əliyev və Özbəkistan prezidenti İslam Kərimov strateji əməkdaşlığın möhkəmləndirilməsi haqqında bəyannamə imzalayıblar. İslam Kərimov Erməsnistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün toxunulmazlığı şərtilə dinc yolla həllinin vacibliyini bildirib. İlham Əliyevin Özbəkistana səfəri zamanı 6 mühüm dövlətlərarası və hökumətləarası sənəd imzalanıb.

Özbəkistan prezidenti İslam Kərimovun Azərbaycana növbəti səfəri 2008-ci il sentyabrın 11-də olub. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev və Özbəkistan Prezidenti İslam Kərimovun təkbətək və geniş tərkibli görüşündə dövlət başçılarının qarşılıqlı səfərlərinin əməkdaşlığın genişlənməsindəki mühüm rolu qeyd olunub. İlham Əliyev Azərbaycanın Özbəkistanın beynəlxalq təşkilatlar səviyyəsində ölkəyə verdiyi dəstəyi yüksək qiymətləndirib. Özbəkistan Prezidenti İslam Kərimov isə Bakıya səfərinin ikitərəfli münasibətlərdə tətbiq oluna biləcək geniş imkanların müzakirəsi üçün mühüm əhəmiyyyət kəsb etdiyini deyib. 

Sonra iki ölkə arasında müxtəlif sahələrdə əməkdaşlığa dair 7 saziş imzalanıb. Onlar əsasən ətraf mühitin mühafizəsi, informasiya-kommunikasiya texnologiyaları, dəmir yolu nəqliyyatı, vergi və informasiya mübadiləsi, humanitar əməkdaşlıq və s. sahələri əhatə edib.

Azərbaycana səfəri çərçivəsində İslam Kərimov sentyabrın 12-də Bakıda görkəmli özbək şairi Əlişir Nəvainin heykəlinin açılış mərasimində iştirak edib. Açılış mərasimində nitqində hər iki dövlət başçısı bu abidənin böyük şairin xatirəsinə ehtiram əlaməti olmaqla bərabər, həm də əsrlər boyu bir-biri ilə sülh, dostluq şəraitində yaşayan, eyni dil, din, mədəniyyətə malik özbək və Azərbaycan xalqları arasında münasibətlərin xarakterini əks etdirdiyini bildiriblər. 

Qeyd etmək yerinə düşər ki, 2004-cü ildə də Özbəkistanda dahi Azərbaycan şairi Nizami Gəncəvinin abidəsi qoyulub.

Özbəkistan Prezidenti İslam Kərimov həmçinin, Heydər Əliyev Fondunda olub. O, Heydər Əliyevin həyatının ən müxtəlif məqamlarını əks etdirən çoxlu sənədlərlə, dünyanın nüfuzlu elm, incəsənət, mədəniyyət xadimlərinin müstəqil Azərbaycan dövlətinin qurucusu haqqında fikirləri ilə tanış olub, müxtəlif ölkələrin liderləri ilə görüşlərdə çəkilmiş şəkillərə maraqla baxıb, xatirə kitabına ürək sözlərini yazıb. 

Tarixi arayış 16 sentyabr 2008-ci ildə yeniləşdirirlib.