Strateji müttəfiq kimi Azərbaycan Respublikası və Türkiyə Cümhuriyyəti arasında hərbi sahədə də sıx tərəfdaşlıq mövcuddur. 1996-cı ildə iki ölkə arasında hərbi əməkdaşlıq haqqında saziş imzalanıb. Türkiyə hərbçiləri ötən əsrin 90-cı illərinin ortalarından başlayaraq Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin təlim-təhsil işində yaxından iştirak edib.

2000-ci ilin iyulunda Türkiyə Cümhuriyyəti quru qoşunlarının komandanı, ordu generalı Atilla Atəş Azərbaycana səfərə gəlib. Səfər zamanı o, Azərbaycanın müdafiə naziri ilə görüşərək iki ölkənin silahlı qüvvələri arasında əməkdaşlıq məsələləri haqqında söhbət aparıb.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev 2000-ci il iyulun 17-də Atilla Atəşi qəbul edib. Generalla söhbəti zamanı prezident Türkiyə və Azərbaycan arasında strateji əməkdaşlığın istənilən səbəbdən asılı olmayaraq davam edəcəyini bəyan edib: "Möhtərəm prezident Sezər burda bəyan etmişdi ki, şəxsiyyətlər dəyişsə də, Türkiyə-Azərbaycan münasibətləri dəyişməyəcək. Dövlət öz siyasətini dəyişməz. Türkiyə ilə bizi çox qüvvətli tellər bağlayır. Onlar heç vaxt qırıla bilməz, əksinə, daha da möhkəmlənə bilər". 

2001-ci ilin avqustunda Türkiyə Cümhuriyyəti Silahlı Qüvvələri Baş Qərargah rəisi, ordu generalı Hüseyn Kıvrıkoğlunun Azərbaycana səfəri zamanı türk hərbi aviasiyasının təyyarələri Bakı üzərində nümayiş uçuşları həyata keçirib. Hüseyn Kıvrıkoğlunun həmin səfəri zamanı prezident Heydər Əliyev onu "Azərbaycan Bayrağı" ordeni ilə, 2002-ci ilin iyununda isə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edib. 

2002-ci ilin mayında Türkiyənin müdafiə naziri Səbahəddin Çakmakoğlunun da daxil olduğu nümayəndə heyəti Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib.

Azərbaycanla Türkiyə arasında hərbi əlaqələr sonrakı illərdə də inkişaf edib. Müxtəlif vaxtlarda iki ölkənin hərbi strukturlarının nümayəndələri qarşılıqlı səfərlər ediblər. 2007-ci il martın 6-da Azərbaycan Respublikaının Prezidenti İlham Əliyev Türkiyənin quru qoşunları komandanı İlker Başbuğun rəhbərlik etdiyi nümayəndə heyətini qəbul edib. İlham Əliyev Azərbaycanla Türkiyə arasında hərbi əlaqələrin inkişafından məmnun olduğunu bildirib. Prezident həmçinin, Azərbaycanın Türkiyənin hərbi təcrübəsindən yararlanmalı olduğunu qeyd edib.

İlker Başbuğ Azərbaycana səfərində əsas məqsədinin burada ordu quruculuğu sahəsində həyata keçirilən işlərlə tanış olmaq, iki ölkənin silahlı qüvvvələri arasında gələcək əməkdaşlıq məsələlərini müzakirə etməKdən ibarət olduğunu qeyd edib.

2008-ci ilin mayında Tükiyə Hərbi Hava Qüvvələrinin komandanı Aydoğan Babaoğlu Azərbaycana səfər edib. Ordu generalını qəbul edən Azərbaycanın müdafiə naziri Səfər Əbiyev Azərbaycanla Türkiyəni bir-birinə bağlayan çoxəsrlik tarixi, mənəvi, mədəni tellərin bu gun daha möhkəm və sarsılmaz olduğunu qeyd edib. Müdafiə naziri bütün sahələrdə olduğu kimi, hərbi sahədə də uğurlu əməkdaşlıq münasibətlərinin qurulduğunu qeyd edib. Nazir bu münasibətlərin gələcəkdə daha da inkişaf etdirilməsinin zəruriliyini vurğulayıb.

Türkiyə Hərbi Hava Qüvvələrinin komandanı, ordu generalı Aydoğan Babaoğlu Azərbaycan müdafiə nazirinin fikirlərini tamamilə bölüşdüyünü və Türkiyənin "bir millət-iki dövlət" prinsipinə bundan sonra da sadiq qalacağını ifadə edib. 

Türkiyə Hərbi Hava Qüvvələrinin komandanı Abdulla Babacanı Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev də qəbul edib. Görüşdə Azərbaycanla Türkiyə arasında dostluq və qardaşlıq münasibətlərinin bütün sahələrdə uğurla inkişaf etdiyi vurğulanıb. Ordu generalının bu səfərinin iki ölkənin hərbi sahədə əməkdaşlığı işinə töhfə verəcəyinə əminlik ifadə olunub. 

Tarixi arayış 23 sentyabr 2008-ci ildə yeniləşdirilib.