Azərbaycan Respublikası ilə dünya katolik xristianlarının mərkəzi sayılan Vatikan dövləti arasında diplomatik münasibətlər 1992-ci ilin mayında yaradılıb. Bundan on il sonra, 2002-ci il mayın 22-də həmin dövlətin başçısı, 264-cü Roma papası II İohann Pavel ilk dəfə olaraq Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev II İohann Pavellə 1997-ci ilin sentyabrında İtaliyaya rəsmi səfəri zamanı görüşüb. Roma papasının 2002-ci ildəki cavab səfərində Heydər Əliyev onun qarşılanması mərasimindəki nitqində Vatikan rəhbərini dinindən, dilindən və irqindən asılı olmayaraq bütün bəşəriyyətin dostu, dünya vətəndaşı adlandırıb. Azərbaycanın dövlət başçısı II İohann Pavelin müsəlman ölkələrinə səfərlərinin xristian və islam dinləri arasında qarşılıqlı etimad və hörmətin gücləndirilməsinə xidmət etdiyini bildirib.

II İohann Pavel çıxışında Azərbaycanda dinlər arasında dözümlülüyün və qarşılıqlı anlaşmanın mövcud olmasını fəxr etməli hal kimi qiymətləndirib. Roma papası Azərbaycanın Şərq və Qərb arasında qapı olmasını bir daha təsdiqləyib.

Vatikanın dövlət başçısı Bakıya səfəri zamanı Azərbaycanın katolik icmasının keçirdiyi mərasimdə də iştirak edib. Bu icma özündə 130 nəfəri birləşdirir.

Azərbaycanda ilk katolik kilsəsi 1912-ci ildə tikilib. Sovet dövründə həmin kilsə dinlərə qarşı mübarizə siyasəti nəticəsində 1930-cu ildə dağıdılıb.

Heydər Əliyev II İohann Paveli qarşılayarkən çıxışında onun diqqətinə Ermənistanın Azərbaycana təcavüzü məsələsini və bu təcavüz qurbanlarının ehtiyaclarını çatdırıb: "Siz insanlar arasında şəfqət və rəhmdillik ideyaları təbliğ edir, ağır fəlakətə düşənlərə səbr və təsəlli diləyirsiniz. Azərbaycanda da belə fəlakət qurbanları var. Onlar Ermənistanın Azərbaycan torpaqlarını işğal etməsi nəticəsində öz yurd-yuvalarını itirmiş bir milyondan çox azərbaycanlı qaçqınlardır. Bu insanlar Sizin xeyirxah sözünüzə, təsəllinizə ehtiyac duyurlar. Onlar haqqın öz yerini tutmasında Sizdən də kömək umurlar." 

Vatikan dövləti ilə əlaqələr sonrakı vaxtlarda da davam edib. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev 2005-ci ilin fevralında İtaliyaya rəsmi səfəri zamanı Vatikan dövlətinə gedib. İlham Əliyevin Vatikanın dövlət katibi kardinal Ancelo Sodano ilə görüşü olub. Görüşdə Azərbaycanla Vatikan arasında əlaqələrdən söhbət açılıb. İlham Əliyev Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsi barədə danışaraq onun Azərbaycan üçün faciəli nəticələrindən bəhs edib və Ermənistanın qeyri-konstruktiv mövqe tutduğuna görə münaqişəni sülh yolu ilə həll edilməsinin mümkün olmadığını bildirib. Sonra Vatikanın dövlət katibi prezident İlham Əliyevə üzərində II İohan Pavelin şəkli olan xatirə medalı təqdim edib (http://www.president.az/)

2008-ci il martın 6-da Müqəddəs taxt-tacın dövlət katibi kardinal Tarçiziyo Bertone Azərbaycana səfər edib. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev martın 7-də kardinalı qəbul edib. Görüşdə ölkəmizdə müxtəlif din və icmalar arasında dözümlülüyün yüksək səviyyədə olduğu bildirilib. Həmçinin, Azərbaycanla Vatikan arasında münasibətlərin perspektivləri və digər məsələlərlə bağlı fikir mübadiləsi aparılıb.

Həmin gün Bakıda Müqəddəs Məryəm Ana katolik kilsəsinin rəsmi açılış mərasimi olub. İlham Əliyev mərasimdə iştirak edib. Müasir üslubda tikilən və 1256 kvadratmetr sahəsi olan kilsə Vatikan Dövləti tərəfindən maliyyələşib. Kilsənin eyni vaxtda 250-300 nəfərin ibadət edə biləcəyi salonu var.

İlham Əliyev mərasimdəki çıxışında Bakıda katolik kilsəsinin açılmasını Azərbaycanın gələcək inkişafı, dünya birliyinə inteqrasiyası, Avropa ilə gözəl münasibətlərin davam etdirilməsi baxımından əhəmiyyətli hadisə hesab edib. (http://www.azerbaijan.news.az/)

Tarixi arayış 11 mart 2008-ci ildə yeniləşdirilib.