Военное сотрудничество между Азербайджаном и Российской Федерацией начало развиваться в основном с 2000 года. До того периода в двухсторонних отношениях в военной сфере оставалось напряжение после того, как стало известно об открытой помощи со стороны России Армении в армяно-азербайджанском конфликте, в частности незаконной выдаче этой стране в начале 1997 года оружия и техники стоимостью 1 миллиард долларов.

В 1998 году была создана трехсторонняя Азербайджано-российско-армянская комиссия с целью разрешения вопроса об оружии. Стороны подписали соглашение о продолжении деятельности комиссии.

В ответ на безрезультатность работы комиссии 2 апреля 1999 года Азербайджан вышел из Договора о коллективной безопасности СНГ. После выхода Азербайджана из этой организации укрепилось его военное сотрудничество с Западом, особенно с НАТО. Тогда даже было заявлено о размещении базы НАТО в Азербайджане. Вместе с тем в ноябре того года министр обороны Азербайджана совершил визит в Москву и впервые был согласован проект о двухстороннем сотрудничестве.

В то же время азербайджанская сторона в 2000 году выдвинула свое оригинальное предложение относительно использования Россией Габалинской радиолокационной станции в Азербайджане.

26 декабря 2000 года министр обороны России маршал Игорь Сергеев прибыл в Азербайджан. Во время визита он провел встречи на высоком уровне с министром обороны и премьер-министром Азербайджана. В тот же день маршал Игорь Сергеев был принят со стороны Президента Азербайджанской Республики.

Во время визита министра обороны России в Азербайджан между сторонами были подписаны план военного сотрудничества за 2001 год и соглашение об обучении азербайджанских офицеров в военных школах России. Кроме договоров было принято решение о подготовке двусторонней комиссией предложений в связи со статусом Габалинской РЛС.

В 2002 году был заключен новый договор о сдаче в аренду России на 10 лет Габалинской РЛС.

В январе 2006 года министр обороны России Сергей Иванов прибыл в Азербайджан. После проведения встреч в Министерстве обороны Азербайджана он был принят со стороны Президента Азербайджана Ильхама Алиева. Глава государства Азербайджана выразил свое удовлетворение развитием сотрудничества между Россией и Азербайджаном во всех сферах, в том числе в военной и военно-технической областях накануне визита президента России в Баку.

В июне 2006 года в Баку было проведено 50-е собрание Совета министров обороны СНГ. Министр обороны России Сергей Иванов, прибывший в Азербайджан для участия в мероприятии, еще раз выразил свое удовлетворение развитием военно-технического сотрудничества между Россией и Азербайджаном. А министр обороны Азербайджана, выступив на собрании, заявил о том, что этой организации СНГ уже пора сказать свое слово по поводу агрессии Армении против Азербайджана. Сергей Иванов заявил о том, что в нагорно-карабахском конфликте стороны сами должны прийти к согласию, и что побочные варианты не дадут результатов.

Президент Азербайджанской Республики Гейдар Алиев во время беседы с министром обороны Игорем Сергеевым отметил, что после избрания президента Владимира Путина в России произошли положительные изменения в политике Российской Федерации по СНГ во всех направлениях, включая и военную сферу.

Историческая справка составлена 24 июля 2006 года